K čemu jsou dobrá ta tajemná písmenka ve výsledcích testů?

Díváte se na právě obdržený certifikát vašeho pejska/fenky a kontrolujete údaje.

Mimo údajů o testovaném zvířeti, přelétnete okem údaje o majiteli. Co vás přirozeně zajímá nejvíce je výsledek testu. Co všechno by měl obsahovat certifikát genetického testu a obecně o genetice pro chovatele naleznete v eBooku Genetické testy v kostce, tajemství genetických testů a jak je můžete uplatnit v chovu  > > >.

 Možná si všimnete, že vedle jména testu je nějaká zvláštní šifra. Tímto článkem bych vám ji ráda přiblížila a také ukázala, proč je důležitá a měli byste ji vyžadovat na každém svém certifikátu genetického vyšetření.

Nejprve trocha teorie

Pes má celkem 39 párů chromozomů (celkem tedy 76 a dva pohlavní chromozomy X a Y). Chromozomy jsou uloženy v jádře buňky a nesou genetickou informaci ve formě DNA.

DNA je zkratka deoxyribonukleové kyseliny a skládá se mimo jiné z bazí, 4 písmenek. A jako adenin, T jako thymin, C jako cytosin a G jako guanin. Samozřejmě, je to trochu složitější, ale s touto základní představou si vystačíme.

DNA není jedno vlákno, ale dvoušroubovice, kde se navzájem písmenka kombinují. V kódu těchto písmenek je zapsána informace o tom, jaké mají v těle vznikat bílkoviny (proteiny).

Většina genetických nemocí je právě důsledek záměny nebo špatného přepisu této části DNA, vzniká tedy protein, který nemá svou originální funkci, je někde „porouchaný“.

Substituce, nebo-li záměna

Když dojde ke špatnému přepisu DNA, do nové DNA se napíše např. místo písmenka A písmenko G. Tato malá chyba se nám například projeví ve špatné funkci některého enzymu nebo proteinu, který je pro tělo psa (platí to obecně, tedy i pro člověka) důležitý a tělo se bez něj nedokáže obejít. Tak vzniká nemoc. Protože je tato nemoc zakódována v DNA, mluvíme o genetické nemoci. Bohužel, tuto nemoc předává rodič ve většině případů na své potomky.

A dostáváme se k prvnímu a nejrozšířenějšímu typu zápisu na genetických testech. Například pro onemocnění prcd-PRA nalezneme zkratku:

c.5G>A

 Co nám tedy říká? v genu PRCD v kódujícím regionu (to je to písmenko c na začátku, před tečkou) na 5. pozici došlo k záměně písmenka G za písmenko A. A tato malá změna způsobuje onemocnění prcd-PRA.

Delece, aneb něco se nám ztratilo

Další častou chybou, která může způsobit genetické onemocnění je delece. Některé písmenko nebo písmenka se při přepisování DNA ztratí.

V zkratce potom vidíme tento zápis, který je vypůjčený od onemocnění osteochodrodysplazie

g.63600045_63729942del129897bp

 Co nám říká? Je to podobné jako v prvním případě. Malé písmenko g označuje genomickou část DNA (genomická je obecná část, neříká nic o tom, zda je to kódující nebo nekódující region DNA, jednoduše část DNA) a za tečkou čteme zápis mezi částí 63600045 a částí 63729942 chybí (to je ta zkratka del) 129897 párů bazí (to je ta zkratka bp). A že ztráta téměř 130 tisíc písmenek není rozhodně málo…

Může se ztratit hodně písmenek, může se ztratit jediné písmenko, mohou se ztratit například 2 písmenka, jak je tomu u onemocnění PRA na chromozom X vázané onemocnění (X-PRA). Kde nalezneme zkratku:

c.1084_1085delGA

Tedy v kódující části genu RPGR (písmenko c) došlo k deleci (zkratka del) písmenek G a A mezi 1084 a 1085tým písmenkem.

Inserce něco se nám tam dostalo navíc

Protože přepis DNA je značně složitý proces, když se vyskytne chyba, může se stát, že se omylem zabudují i některá písmenka navíc. I tato chyba může způsobit onemocnění. Vyjdeme z příkladu onemocnění rcd4-PRA, kde nalezneme tento zápis:

c.3149_3150insC genu C17H2orf71

Tedy v genu C17H2orf71 (podílí se na normálním vidění psa) došlo v kódujícím regionu (malé písmenko c) ke vložení (zkratka ins) písmenka C mezi pozice 3149 a 3150.

A teď, k čemu je to dobré?!

Každý takovýto písmenný kód je jednoznačná identifikace mutace, kterou je třeba v plemeni testovat.

Jak vybrat genetický test pro vaše plemeno? Více o tom píši ve svém eBooku  > > >.

Pokud certifikát obsahuje tento písmenný kód, máte vyhráno a nemusíte pátrat, co že se to vlastně testuje. Bohužel, ne všechny genetické laboratoře tuto informaci na svých certifikátech uvádějí.

Pro příklady nemusíme chodit daleko; zatímco Genomia a Tillia Laboratories (dříve Vemodia) tuto informaci vždy uvádějí, například Německý Labogen (dříve Laboklin) nebo americký Optigen tuto informaci na certifikátech vůbec neuvádí.

V čem je háček, osobní zkušenost

Háček je v tom, že se může stát, že vám laboratoř otestuje něco jiného (jiný úsek DNA) než se ve vašem plemeni testuje. Mě se to přihodilo u nemoci von Willebrandovo onemocnění, typ I, kdy ze štěněte, které mělo mít výsledek A (čistý = Normal/Clear) po rodičích najednou byl přenašeč (B = carrier). Dalo to chvíli dohadování a hledání informací, než jsme si ujasnili, kdo co testoval a kde se stala chyba.

Druhý případ, respektive moje nepozornost. U plemene pudl se testuje onemocnění osteochondordysplazie. Rozhodla jsem se tento test zařadit do seznamu onemocnění, na které nechávám svá zvířata běžně testovat. A tady pozor! Nestačí jen zkontrolovat název, ale člověk si právě musí zkontrolovat tento genomický zápis. U pudlů se má testovat  správně g.63600045_63729942del129897bp. Velmi podobný název má ovšem i onemocnění  chondrodysplazie, které se testuje pro plemena karelské medvědí psy a norské losí psy šedé a zde se testuje c.2083C>T. Kdybych na to náhodou nepřišla, mohlo se mi stát, že jsem vyhodila peníze zbytečně za test, který u pudlů je vážně zbytečný.

Závěr

Proto, podívejte se, jaké nemoci testujete a také jakou mutaci testujete.  Pokud není vyznačena na certifikátu, ptejte se prosím své laboratoře, co testovali. Osobně chovám naději, že pokud je dost lidí začne upozorňovat na fakt, že jsou povinni tuto informaci zveřejňovat, skutečně začnou. Ale když se ozve jeden člověk, odbydou ho jako v mém případě. A přitom je tato informace naprosto stěžejní.

Pokud chcete vědět, které nemoci se vyplatí testovat a jak to zjistit, odkáži vás na genetický eBook – Genetické testy v kostce, tajemství genetických testů a jak s nimi pracovat.