SNP čipy při testování psů – pomoc anebo nepřesnost?

Tímto tématem jsem se začala zabývat potom, co jsem absolvovala on-line přednášku od Dr. Jerolda Bella – It’s All i the Genes – ohledně genetiky a genetických testů > > >. K dispozici k poslechu v angličtině zdarma.

K přednášce jsem se dostala i já pomocí FB skupiny Chov Psov > > >.

Je několik způsobů, jak se nyní DNA testy pro různá plemena psů stanovují. Tento článek se zabývá pouze jedním z nich a to jsou tzv. SNP (či DNA) čipy. SNP nebo-li bodová mutace je záměna písmenka v řetězci DNA na určitém místě. Může mít velice zásadní vliv na funkci živého organismu a nebo propuknutí některého onemocnění. .Jak správně číst písmenka SNP a co přesně říkají se dočtete v článku K čemu jsou dobrá ta tajemná písmenka ve výsledcích testů?

SNP čipy fungují na principu jamek. Těchto jamek je na jedné destičce stovky tisíc – odpovídají bodovým mutacím, tzv. SNP. Abychom mohli toto SNP detekovat, 1 SNP má pro sebe 2 jamky. V jednom je jedna varianta a v druhé jamce je druhá varianta plus cca 50 okolních nukleotidů (písmenek), aby se dalo určit, že se jedná o správnou bodovou mutaci (SNP) na správném chromozomu v daném genu.

Např. hypoteticky 1. SNP na čipu bude patřit genu PRCD-PRA ležícím na 9. chromozomu – zde je bodová mutace c.5G>A. Podle toho, zda se naváže buď na variantu s písmenkem C anebo na variantu s písmenkem T, poznáme, jakou má jedinec vlastní DNA.

Písmenka se k sobě váží na principu komplementarity – tedy přesně daném pořadí. Pokud je zdravý homozygot (má obě alely zdravé a na čipu uvidíme „svítit“ jenom C) Je-li přenašeč, bude mít poloviční signál v obou jamkách, tedy jak v jamce C, tak v jamce T. Anebo zda je „at risk“ a bude mít signál pouze v jamce T.

Aby byla možná statistická kontrola výsledku, je toto jedno SNP umístěno na destičce (čipu) pětkrát. Při vyhodnocení máme tedy obrovské množství dat, které potřebují v laboratoři správně vyhodnotit.

SNP čipy obsahují desetitisíce SNP, tedy bodových mutací. A jak správně Dr. Bell poznamenal, my nevíme, zda se jedná o přímé testy – tedy testují tu či onu variantu genetického onemocnění.

Anebo zda se jedná o testy, které jsou tzv. Linked – nepřímé testy. Tedy mutace onemocnění není přesně známa – gen, záměna, inzerce či delece – to co ji způsobuje. Ale víme, že velice blízko se vyskytuje vždy varianta jiné mutace, která se přenáší dohromady.

Tyto tzv. Linked testy se mohou za určitých okolností stát neplatnými (uvádí se obecně za několik generací) v důsledku naprosto běžného jevu, kterému se říká crossing-over.

Crossing over je stav probíhající při buněčném dělení, kdy dochází k překřížení chromozomů a ty si spolu vymění své konce/části. Vznikne tak nový chromozom, který má část z původního chromozomu 1 a druhou část z další části chromozomu. Jak ukazuje obrázek.

A teď k jádru problému – jak si můžeme být jistí, že SNP čip, který používají laboratoře, obsahuje přímé testy? Kdy se testuje přímo genetická mutace způsobující onemocnění anebo ve většině případů obsahuje testy tzv. Linked? Jak si můžeme být jisti, že jsou výsledky správné?

Tato otázka mi nedala spát, proto jsem se rozhodla oslovit genetickou laboratoř Embark, kde jsem nechávala otestovat své poslední dva vrhy štěňátek.

Odpověď je následující; ve většině případů, pokud existuje přímý test, je tento i přímo použitý na DNA čipu. Testuje se tedy přímá mutace. U některých testů jako je například primární hyperparathiroidismus u keeshoundů, kde přímý test není, používá i SNP čip linkage test.

Výsledky jsou tedy ve shodě s doporučením – testovat správnou mutaci, pokud je to možné.

Osobně se mi dost ulevilo, protože ta nejistota, že jsem vyhodila peníze za zbytečnou a nepřesnou metodu testování, pro mě byla noční můra.

A ještě na závěr – přesné testování má míru pravděpodobnosti chyby menší než 1 % – s přesností více než 99 % víme, že výsledek je správný. Většina linked testů dosahuje také přesnosti až 99 %. Přesnost je tedy vysoká a i nepřímý test je rozhodně lepší než žádný test z hlediska chovatelství.

Omlouvám se, že jsem tuto informaci neověřila i u Mars Incorporated společností (dceřiných společností Wisdom Panel z Velké Británie a MyDogDNA z Finska), ale zde jsem zatím své pejsky netestovala.

A protože on-line seminář, na který reaguje tento článek je k dispozici on-line zdarma, dá se předpokládat, že si ho poslechlo již dost lidí, aby váhali podobně jako já.

Mým koníčkem jsou chov psů a genetika. Vyznám se ve složitém světě genetiky a dokážu ho lidsky představit běžnému člověku. Pomáhám začínajícím i zkušenějším chovatelům stanovit si svou strategii a orientovat se v genetických testech, aby nemuseli spoléhat na informace od firem, ale používali svůj vlastní zdravý rozum. Můj příběh si přečtěte zde >>